Ученые обнаружили один из самых долгих случаев ковида
Международная группа исследователей при участии ученых из НИУ ВШЭ изучила необычный образец вируса SARS-CoV-2 у ВИЧ-положительной пациентки. Генетический анализ позволил выявить множественные мутации и установить, что вирус эволюционировал в организме на протяжении 2 лет. Это подтверждает теорию о том, что вирус способен годами оставаться в организме отдельных людей, постепенно накапливать мутации и затем выплескиваться в популяцию. Результаты опубликованы в журнале Frontiers in Cellular and Infection Microbiology.
Обычно ковид проявляет себя как острое заболевание, но бывают случаи, когда он перетекает в хроническую инфекцию без явной симптоматики. Чаще всего это происходит в организме пациентов с ослабленным иммунитетом. Ученые полагают, что именно такие случаи могут порождать опасные варианты вируса, которые ВОЗ характеризует как «вызывающие обеспокоенность».
Команда исследователей из России, Италии, Швейцарии, Великобритании и ЮАР при участии ученых НИУ ВШЭ обнаружила образец вируса SARS CoV-2 с 89 мутациями по сравнению с его ближайшим родственником. Образец был получен в 2022 году, а его ближайший родственник по филогенетическому дереву, вариант вируса 2020 года В.1.1, к тому времени почти полностью исчез. Это означает, что SARS CoV-2 жил, эволюционировал и накапливал мутации в организме одного человека на протяжении 2 лет. Это один из самых долгих известных случаев заболевания ковидом.
Галина Клинк
«Образец принадлежал ВИЧ-положительной пациентке из Калуги, не получавшей антиретровирусной терапии. У нас был всего один образец от нее, и теоретически можно было бы предположить, что перед нами острая фаза заражения еще неизвестным вариантом коронавируса. Однако мы показали, что такое количество мутаций через острые случаи можно было бы набрать только за 7 лет циркуляции вируса в популяции, а это больше, чем вообще существует ковид. С помощью методов филодинамики мы установили, что пациентка к моменту взятия образца уже болела ковидом на протяжении двух лет», — объясняет Галина Клинк, старший научный сотрудник Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.
Ученые также установили, что вирус эволюционировал в 3–4 раза быстрее, чем обычные штаммы SARS-CoV-2. 33 из 89 обнаруженных мутаций приходились на спайк-белок, включая изменения, характерные для штаммов с повышенной заразностью и устойчивостью к антителам.
Кроме того, некоторые мутации совпадали с вариантами коронавируса, обнаруженными в сточных водах. Существует практика анализа сточных вод при росте эпидемии — зачастую там раньше можно отследить появление новых вариантов вируса, чем непосредственно в популяции. Наличие у данного образца мутаций, характерных именно для сточных вод, а не для дыхательных путей, намекает на то, что исследуемый вирус несет следы адаптации к желудочно-кишечному тракту.
Исследователи подчеркивают, что длительные инфекции характерны именно для иммуноподавленных пациентов. Это усиливает необходимость наблюдения за ними, чтобы своевременно выявлять потенциально опасные варианты вирусов.
«Наша пациентка за время своей болезни никого не заразила. В ходе эволюции в образце появлялись мутации, пересекающиеся со штаммом омикрон, но на тот момент этот вариант еще не получил развития и распространения. Дело в том, что естественный отбор, который действует внутри пациента и который действует между людьми, разный, — говорит Галина Клинк. — При этом мутации, которые нам удалось проследить в обнаруженном образце, говорят в пользу теории возникновения новых опасных вариантов коронавируса в организме людей с ослабленным иммунитетом, а также о возможности вируса кочевать по частям тела своего хозяина».